Maguy Marin étudie la danse classique au conservatoire de Toulouse. Elle entre ensuite au ballet de Strasbourg, puis change de direction et rejoint l’école Mudra à Bruxelles à sa création en 1970.
Elle sera soliste quatre saisons durant pour le Ballet du XX^e siècle sous la direction de Maurice Béjart, et tente ses premières expériences de chorégraphie. En 1978, elle travaille avec Daniel Ambash ; son activité créatrice prend dès lors son essor, et elle obtient un prix au Concours chorégraphique international de Bagnolet. Elle devient l'une des chorégraphes les plus importantes de la Nouvelle danse française, notamment avec une pièce devenue mythique, May B, créée en 1981 au Centre national de danse contemporaine d’Angers ainsi qu’avec sa version contemporaine de Cendrillon créée en 1985. À la direction du Centre chorégraphique national de Créteil et du Val-de-Marne à partir de 1985 puis du Centre chorégraphique national de Rillieux-la-Pape de 1998 à 2011, elle s’installe à Toulouse en 2012.
Maguy Marin est l’une des rares non-américaines à avoir reçu l’American Dance Festival Award. L’édition 2012 du Festival d’Automne à Paris lui consacre une rétrospective en programmant six de ses créations emblématiques dans huit théâtres de Paris et d’Île-de-France. En juin 2016, la Biennale de Venise lui remet un Lion d’or pour l’ensemble de son parcours artistique.